1、两者的出发点不同。有机食品强调的是来自有机农业生产体系的产品，发展有机食品的目的是改造、保护环境；而绿色食品是利用没有污染的生态环境，两者在出发点上有本质区别。
　　2、有机食品和绿色食品在生产、加工要求上不同。
　　a. 有机食品生产过程强调以生态学原理建立多种种、养结合的完整体系，禁止使用人工合成的农用化学品；而绿色食品允许使用高效低毒的化学农药和化肥，不拒绝基因工程方法和产品；
　　b. 有机食品在土地生产转型上有严格规定，从生产其他食品到生产有机食品需要2-3年的转换期；而生产绿色食品和无公害食品则没有转换期的要求。
　　3、管理方法不同。有机食品强调生产的全过程和管理，有机食品颁证是对生产方法的颁证，同时包括产品的处理；而绿色食品只注重产品的检测结果。
　　4、执行标准不同。有机食品执行国际通行食品标准，在《国际食品法典》中对有机食品的生产、加工、贸易有明确规定，此规定是国际食品贸易仲裁的依据；而绿色食品和无公害食品则是执行我国制定的相关食品标准，此标准不作为国际贸易仲裁的依据。